配体结合 编辑

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受体配体结合区一般是该蛋白分子的疏口袋。每个酶或受体的活性结合位点一般只有一个。在非虚拟筛选过程中,能与酶或受体结合的小分子一定是结合在活性结合位点上。

基本信息

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中文名:配体结合

外文名:ligandbinding

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酶或受体的配体结合区一般是该蛋白分子的疏水口袋。每个酶或受体的活性结合位点是不是一般只有一个。在非虚拟筛选过程中,能与酶或受体结合的小分子一定是结合在活性结合位点上。

简介

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1)这个东西不用想实验坐出来什么样子就是什么样子。如果自己没有条件,需要从公用的PDB数据库里看别人解析的复合结构,将要具体了解的酶或受体与期配体的复合物下载下来,看看是否该口袋是否都是疏水口袋,还是有化合物部分暴露在口袋外,口袋里的环境也一目了然。

2)在非虚拟筛选过程中,能与酶或受体结合的小分子一定是结合在活性结合位点上。PDB数据库的结构都是实验结构,如果是计算的结构会有说明。

小分子应该一定是与其靶点结合在其结合位点上。但是,可能激动剂拮抗剂(又细分几个类型)可能结合方式不一样。即使是同一机理的结合方式可能还不一样。

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