肉眼或显微镜下看到器官、组织结构发生了病理性改变；受累器官功能减退或丧失；病情严重，病程迁延，不易治愈；病灶逐渐扩大，严重者可引起死亡。如肿瘤的发生部位在消化道，就会出现食欲减退、消瘦、乏力、呕血、便血等恶性病质征象；发生在脑部，可因肿瘤的占位而出现头疼、头晕、肢体瘫痪等病变；肿瘤压迫生命中枢，就会有心跳、呼吸停止而死亡。同样，冠心病可因心机缺血、缺氧、梗塞造成实质性损害，产生严重后果。

一般先引起功能性改变，当有害因素的浓度（强度）和作用时间超过一定限度或功能性改变发展到一定程度时则出现器质性病变。器质性病变往往是不可复的变化。

“功能性”疾病，一般地说，是由支配器官的神经系统的失调引起，组织结构不发生改变，病情轻微，一般不会导致严重后果的临床综合症：如神经官能症，它虽然可以有头疼、头晕、虚弱、失眠等症状，但脑细胞无实质性损害，CT扫描组织正常，显微镜下脑结构无异常变化。

当然，两者的区别并非绝对的，病情可以相互转化。例如，单纯性高血压，初期血压升高是单纯的，心、脑、肾均未受累及，此时为功能性的；但如未经治疗或虽经治疗仍控制不好，血压持续升高，并造成心、脑、肾等器官的实质性损害，那么，此时的高血压便转化成“器质性”病变了。