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核酸 编辑
种类
核苷酸是组成核酸的基本单位,即组成核酸分子的单体。一个核苷酸分子是由一分子含氮的碱基、一分子五碳糖和一分子磷酸组成的。根据五碳糖的不同可以将核酸分为脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)两大类。
核酸 | DNA | RNA |
---|---|---|
名称 | 脱氧核糖核酸 | 核糖核酸 |
规则的双螺旋结构 | 通常呈单链结构 | |
脱氧核糖核苷酸 | 核糖核苷酸 | |
五碳糖 | 脱氧核糖 | 核糖 |
A(腺嘌呤) G(鸟嘌呤) C(胞嘧啶) T(胸腺嘧啶) | A(腺嘌呤) G(鸟嘌呤) C(胞嘧啶) U(尿嘧啶) | |
分布 | 主要存在于细胞质 | |
功能 | 作为遗传物质:只在RNA病毒中;不作为遗传物质:在DNA控制蛋白质合成过程中起作用。mRNA是蛋白质是合成的直接模板、tRNA能携带特定氨基酸、rRNA是核糖体的组成成分;催化作用:酶的一种 |
核酸类似物
核酸类似物是与天然存在的RNA和DNA类似(结构相似)的化合物,用于医学和分子生物学研究。核酸类似物在组成核酸的核苷酸分子以及组成核苷酸的碱基、五碳糖和磷酸基团的分子间发生了改变。通常,这些改变使得核酸类似物种的碱基配对和碱基堆积性质发生了改变。比如通用碱基可与所有四个经典碱基配对,又比如磷酸-糖骨架类似物(如PNA)甚至可形成三重螺旋。核酸类似物也称为异种核苷酸,代表了异种生物学的主要支柱之一,即基于替代生物化学的新生自然形式的生命设计。
核酸类似物包括肽核酸(PNA),吗啉代和锁核酸(LNA)以及乙二醇核酸(GNA)和苏糖核酸(TNA)。因为分子主链发生了改变,它们与天然存在的DNA或RNA有明显的不同。
作用
DNA是储存、复制和传递遗传信息的主要物质基础。
RNA在蛋白质合成过程中起着重要作用——其中转运核糖核酸,简称tRNA,起着携带和转移活化氨基酸的作用;信使核糖核酸,简称mRNA,是合成蛋白质的模板;核糖体的核糖核酸,简称rRNA,是细胞合成蛋白质的主要场所。
此外,现在已知许多其他种类的功能RNA,如microRNA等。
核酸类似物主要用于医学和分子生物学研究 。
核酸的发现
核酸最早于1869年由瑞士医生和生物学家弗雷德里希·米歇尔分离获得,称为Nuclein。
在19世纪80年代早期,德国生物化学学家,1910年诺贝尔生理和医学奖获得者科塞尔进一步纯化获得核酸,发现了它的强酸性。他后来也确定了核碱基。
1889年,德国病理学家Richard Altmann创造了核酸这一术语,取代了Nuclein。
1919年,一位美籍俄罗斯医生和化学家菲巴斯·利文首先发现了单核苷酸的三个主要成分(磷酸盐、戊糖和氮基)的顺序。
1938年,英国物理学家和生物学家威廉·阿斯特伯里和Florence Bell(后来改名为Florence Sawyer)发表了第一个DNA的X射线衍射图谱。
分子大小
核酸分子通常很大。实际上,DNA分子可能是已知的最大的单个生物分子。
但也有比较小的核酸分子。
核酸分子的大小范围从21个核苷酸(小干扰RNA)到大染色体(人类染色体是一个含有2.47亿个碱基对的单个分子)不等。
化学组成
核酸完全水解产生嘌呤和嘧啶等碱性物质、戊糖(核糖或脱氧核糖)和磷酸的混合物。核酸部分水解则产生核酸和核苷酸。每个核苷分子含一分子碱基和一分子戊糖,一分子核苷酸部分水解后除产生核苷外,还有一分子磷酸。
DNA和RNA含有的核糖同,DNA含有脱氧核糖,而RNA含有核糖。此外,DNA和RNA中含有的碱基也有差别:DNA和RNA都含有腺嘌呤,胞嘧啶和鸟嘌呤,但DNA中不含有尿嘧啶,只有胸腺嘧啶
核酸中的糖和磷酸盐通过磷酸二酯键以交替链(糖 - 磷酸骨架)相互连接。磷酸基团所连接的碳是糖的3'-末端,与碳原子结合的碳是5'-末端,这就产生了核酸的方向性。核碱基通过N-糖苷键与糖连接。
在RNA和DNA中也发现了非标准核苷,它们通常来自DNA分子内的标准核苷或初始RNA转录物的修饰。转移RNA(tRNA)分子含有特别多的修饰核苷。
分子组成
天然存在的DNA分子在大多数情况下是双链的,而RNA分子是单链的。然而,有许多例外。一些病毒具有由双链RNA构成的基因组,而其他病毒具有单链DNA基因组,并且在某些情况下,可形成具有三个或四个链的核酸结构。
化学性质
酸效应:在强酸和高温下核酸完全水解为碱基,核糖或脱氧核糖和磷酸。在浓度略稀的无机酸中,最易水解的化学键被选择性的断裂,一般为连接嘌呤和核糖的糖苷键,从而产生脱嘌呤核酸。
碱效应:当pH值超出生理范围(pH7~8)时,对DNA结构将产生更为微妙的影响。碱效应使碱基的互变异构态发生变化。这种变化影响到特定碱基间的氢键作用,结果导致DNA双链的解离,称为DNA的变性。pH较高时,同样的变性发生在RNA的螺旋区域中,但通常被RNA的碱性水解所掩盖。
化学变性:一些化学物质能够使DNA或RNA在中性pH下变性。由堆积的疏水碱基形成的核酸二级结构在能量上的稳定性被削弱,则核酸变性。
物理性质
黏性:DNA的高轴比等性质使得其水溶液具有高黏性,很长的DNA分子又易于被机械力或超声波损伤,同时黏度下降。
浮力密度:可根据DNA的密度对其进行纯化和分析。在高浓度分子质量的盐溶液(CsCl)中,DNA具有与溶液大致相同的密度,将溶液高速离心,则CsCl趋于沉降于底部,从而建立密度梯度,而DNA最终沉降于其浮力密度相应的位置,形成狭带,这种技术成为平衡密度梯度离心或等密度梯度离心。
稳定性:核酸的结构相当稳定,其主要原因有碱基对间的氢键、碱基的堆积作用和环境中的阳离子。
光谱学性质
减色性:dsDNA相对于ssDNA是减色的,而ssDNA相对于dsDNA是增色的。
DNA纯度:通过测量A260/A280和A260/A230进行判断。
变性
在一定理化因素作用下,核酸双螺旋等空间结构中碱基之间的氢键断裂,变成单链的现象称为变性(denaturation)。
引起核酸变性的常见理化因素有加热、酸、碱、尿素和甲酰胺等。在变性过程中,核酸的空间构象被破坏,理化性质发生改变。由于双螺旋分子内部的碱基暴露,其A260值会大大增加。A260值的增加与解链程度有一定比例关系,这种关系称为增色效应(hyperchromic effeCT)。如果缓慢加热DNA溶液,并在不同温度测定其A260值,可得到“S”形DNA熔化曲线(melting curve)。从DNA熔化曲线可见DNA变性作用是在一个相当窄的温度内完成的。
当A260值开始上升前DNA是双螺旋结构,在上升区域分子中的部分碱基对开始断裂,其数值随温度的升高而增加,在上部平坦的初始部分尚有少量碱基对使两条链还结合在一起,这种状态一直维持到临界温度,此时DNA分子最后一个碱基对断开,两条互补链彻底分离。通常把加热变性时DNA溶液A260升高达到最大值一半时的温度称为该DNA的熔解温度(melting temperature Tm),Tm是研究核酸变性很有用的参数。Tm一般在85~95℃之间,Tm值与DNA分子中G C含量成正比。
复性
变性DNA在适当条件下,可使两条分开的单链重新形成双螺旋DNA的过程称为复性(renaturation)。当热变性的DNA经缓慢冷却后复性称为退火(annealing)。DNA复性是非常复杂的过程,影响DNA复性速度的因素很多:DNA浓度高,复性快;DNA分子大复性慢;高温会使DNA变性,而温度过低可使误配对不能分离等等。最佳的复性温度为Tm减去25℃,一般在60℃左右。离子强度一般在0.4mol/L以上。
杂交
具有互补序列的不同来源的单链核酸分子,按碱基配对原则结合在一起称为核酸杂交(hybridization)。杂交可发生在DNA-DNA、RNA-RNA和DNA-RNA之间。杂交是分子生物学研究中常用的技术之一,利用它可以分析基因组织的结构,定位和基因表达等,常用的杂交方法有Southern印迹法,Northern印迹法和原位杂交等。