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DNA聚合酶 编辑
1953年,沃森和克里克发表了经典论文,描述DNA的化学结构,而一些科学家对它的重要性提出了最初的质疑。两人在论文中提出,DNA的复制原理仍有待确定。当时,美国生物化学家阿瑟·科恩伯格正在密苏里州圣路易斯市的华盛顿大学微生物学系工作,他认可了这篇论文的重要意义。由此,他开始对机体合成核酸的过程产生了兴趣,尤其是合成DNA。他在这些研究中使用的是相对简单的大肠杆菌,1956年,他发现了装配DNA基本单位的酶。这种酶被称为DNA聚合酶Ⅰ,它以几种不同的变体出现在所有的生物体中。科恩伯格在论文中描述了这些发现,他的论文起初不免遭拒,但之后于1957年被著名的《生物化学期刊》接受并发表。1959年,因为确定了“DNA的生物合成机制”,他成为诺贝尔奖的共同获得者之一。
DNA聚合酶Ⅰ(pol Ⅰ)的发现对生物学研究有着非常重要的意义,因为它在生命过程中起着核心作用,令我们认识到DNA如何进行复制与修复。在细胞分裂之前,pol Ⅰ会复制细胞DNA的所有成分。接着,母细胞将其DNA副本传递给每一个子细胞,由此将遗传信息代代相传。科恩伯格发现pol Ⅰ能读取完整的DNA链,并以之作为模板合成一条新链,后者与原DNA链完全相同——这个过程和复印机复制文件没什么区别。
不过,复印机在复制文件时是机械性的,它并不在乎文件的内容,与此不同的是,DNA聚合酶7个子类中的某些成员能够校对原始DNA模板,侦查、移除并改正错误,从而生产出一条无误的新DNA链,这其中就包括DNA聚合酶Ⅰ。其他的DNA聚合酶只能复制不能修复,因此它们能够保留基因组中的突变,或是令细胞死亡。
DNA聚合酶有多种,E.coli就有三种。通常DNA聚合酶具有以下共同特点:
①需要DNA模板,因此这类酶又称为依赖DNA的DNA聚合酶;
②需要RNA或DNA作为引物(primer),即DNA聚合酶不能从头催化;
原核生物
大肠杆菌DNA聚合酶DNA聚合酶最早在E.coli中发现,到目前为止已确定有5种类型,分别为DNA聚合酶Ⅰ、DNA聚合酶Ⅱ、DNA聚合酶Ⅲ、DNA聚合酶Ⅳ和DNA聚合酶V,都与DNA链的延长有关。
其中DNA聚合酶I、Ⅱ、Ⅲ研究得比较明确。
DNA聚合酶 | DNA聚合酶I | DNA聚合酶Ⅱ | DNA聚合酶Ⅲ |
---|---|---|---|
3'→5'外切酶活性 | + | + | + |
5'→3'外切酶活性 | + | - | - |
5'→3'聚合酶活性 | + | + | + |
5'→3'聚合酶速度(nt/s) | 16~20 | 40 | 250~1000 |
相对分子质量(×103) | 103 | 90 | 900 |
细胞内分子数 | 400 | ? | 10~20 |
生物学活性 | 1 | 0.05 | 15 |
切除引物,DNA修复 | DNA修复 | DNA复制 | |
已知的结构基因 | Pol(A) | Pol(B) | Pol(C)(dnaE、N、Z、X、Q等) |
DNA聚合酶Ⅰ是1956年由Arthur Komberg在E.coli中首先发现,是一种多功能酶,有三个不同的活性中心:
①5’一3’聚合酶活性催化DNA链的延伸,主要用于填补DNA上的空隙或是切除RNA引物后留下的空隙;
②3’一5’外切酶活性能识别和切除DNA 3’端在聚合作用中错误配对的核苷酸,起到校读作用;
③5’一3’外切酶活性主要用于切除5’引物或受损伤的DNA。此酶缺陷的突变株仍能生存,表明DNA聚合酶I不是DNA复制的主要聚合酶。
DNA聚合酶Ⅱ是一种多酶复合体,有5’—3’聚合酶活性中心和3’—5 ’外切酶活性中心,但没有5 ’—3’外切酶活性中心。其催化5’—3’方向合成反应的活性只有DNA聚合酶Ⅰ的5%。因该酶缺陷的E.coli突变株的DNA复制都正常,所以也不是DNA复制的主要聚合酶,可能是在DNA的损伤修复中起到一定的作用。
DNA聚合酶Ⅲ是一种多酶复合体,全酶由α、β、γ、δ、ε、θ、τ、χ和ψ中共10种亚基构成,其中α、ε和θ亚基构成全酶的核心。α亚基含5’—3’聚合酶活性中心,ε亚基含3’一5’外切酶活性中心,θ亚基可能起装配作用,其他亚基各有不同作用。DNA聚合酶Ⅲ活性最高,在DNA复制链的延长上起着主导作用,是催化DNA复制合成的主要酶。
DNA聚合酶Ⅳ和V发现于1999年,主要参与DNA修复。
真核生物
已发现的真核生物DNA聚合酶有15种以上。在哺乳动物细胞中主要有5种DNA聚合酶,分别称为DNA聚合酶α、β、γ、δ和ε,均具有5’—3’聚合酶活性。
真核细胞的DNA聚合酶和细菌DNA聚合酶基本性质相同,均以dNTP为底物,需Mg2+激活,聚合时必须有模板链和具有3'-OH末端的引物链,链的延伸方向为5'→3'。但真核细胞的DNA聚合酶一般都不具有核酸外切酶活性,推测一定有另外的酶在DNA复制中起校对作用。
DNA 聚合酶α的功能主要是引物合成,即能起始前导链和后随链的合成。它与引发酶形成复合体,因其具有发、延伸链的双重功能,所以又被称为pol α的引发酶。DNA聚合酶β活性水平稳定,可能主要在DNA损伤的修复中起作用,属于高忠实性修复酶。DNA聚合酶δ是主要负责DNA复制的酶,参与前导链和后随链的合成。而DNA聚合酶ε与后随链合成有关,在DNA合成过程中核苷切除以及碱基的切除修复中起着重要的作用,而且,它在细胞的重组过程中可能具有某些功能。DNA聚合酶γ在线粒体DNA的复制中发挥作用。
除了上述5种主要的DNA聚合酶外,真核生物中还存在ζ、η、τ和κ等几种DNA聚合酶,它们承担着修复损伤的功能,但这些修复酶的忠实性都很根低。
性质 | DNA聚合酶α | DNA聚合酶β | DNA聚合酶γ | DNA聚合酶δ | DNA聚合酶ε |
---|---|---|---|---|---|
亚基数 | 4 | 1 | 2 | 2~3 | ≥1 |
细胞定位 | 核内 | 核内 | 线粒体 | 核内 | 核内 |
外切酶活性 | - | - | 3'→5'外切酶 | 3'→5'外切酶 | 3'→5'外切酶 |
引物合成酶活性 | + | - | - | - | - |
功能 | 引物合成和核DNA合成 | 损伤修复 | 线粒体DNA合成 | 核DNA合成 | 复制修复 |
DNA复制的保真性是遗传信息稳定传代的保证。生物体至少有3种机制实现保真性:
②5’—3’聚合酶活性中心对底物的选择,使核苷酸的错配率仅为10-4~10-5;
③3’—5’外切酶活性中心在复制出错时的即时校对,使错配率降至10-6~10-8。
E.coli的DNA pol Ⅰ涉及DNA损伤修复,在半保留复制中起辅助的作用。DNA polⅡ在修复损伤中也具有重要的作用。DNA polⅢ是一种多亚基的蛋白质,在DNA新链的从头合成中起复制酶的作用。
复制的忠实性问题会影响到翻译的精确性,这种忠实性主要依赖于碱基的特异性配对。据估计每个碱基对将有10-3。的概率会发生错配,但实际的错配率只有10-8~10-10,即每1000个细菌复制周期中,每个基因组只产生一次错误。DNA多聚酶能增加互补碱基的特异性,该特异性主要表现在以下两方面:
①能够检查进入的碱基是否和模板互补,这时通过一个匹配的化学特点加以识别,这是合成前的一种预防措施,称为合成前( presynthetic)错误控制;
②在新的碱基加到链上以后,检查碱基是否配对。若发生错配,将会把刚加上去的错误碱基切除掉,这是校正控制( proofreading)。
细菌的三种DNA聚合酶都具有3 7硝’外切活性,逆DNA合成方向进行加工,提供校对功能。在链的延伸阶段中,一个核苷酸进人生长链的末端,形成键,该酶就向前移一个碱基对,准备下一个碱基对的进入。若一个错误产生了,这个酶就向回退,切除最后加进来的这个碱基,产生一个位点,然后被正确的碱基取代。
不同DNA多聚酶聚合和校正之间的关系是不同的。有时,这些活性是由相同的蛋白质亚基产生的,但有时它们又还有不同的亚基。一个错误碱基的排除实际上是十分复杂的,因为这种切除反应是由不同位点催化的。