DNA聚合酶 编辑

DNA依赖的DNA聚合酶
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DNA聚合酶,又称DNA依赖的DNA聚合(DNA—dependent DNA polymerase,DNA pol),它是以亲代DNA为模板,催化底物dNTP分子聚合形成子代DNA的一类酶。此酶最早是美国科学家Arthur Komberg于1957年在大肠杆菌中发现的,被称为DNA聚合酶Ⅰ(DNA polymerase Ⅰ,简称polⅠ)以后陆续在其他原核生物真核生物中找到了种DNA聚合酶。这些DNA聚合酶的共同特征为:①具有5’→3’聚合酶活性,这就决定了DNA只能沿着5’→3’方向合成;②需要引物,DNA聚合酶不能催化DNA新链从头合成,只能催化dNTP加入核苷酸链的3'-OH末端。因而复制之初需要一段DNA引物的3’一OH端为起点,合成5’→3’方向的新链。

基本信息

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中文名:DNA聚合酶

外文名:DNApolymerase

别名:DNA依赖的DNA聚合酶

作用:复制DNA的重要作用酶

属性:蛋白质

构成:DNA为模板,催化底物dNTP分子聚合

历史

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1953年,沃森和克里克发表了经典论文,描述DNA的化学结构,而一些科学家对它的重要性提出了最初的质疑。两人在论文中提出,DNA的复制原理仍有待确定。当时,美国生物化学家阿瑟·科恩伯格正在密苏里州圣路易斯市的华盛顿大学微生物学系工作,他认可了这篇论文的重要意义。由此,他开始对机体合成核酸的过程产生了兴趣,尤其是合成DNA。他在这些研究中使用的是相对简单的大肠杆菌,1956年,他发现了装配DNA基本单位的酶。这种酶被称为DNA聚合酶Ⅰ,它以几种不同的变体出现在所有的生物体中。科恩伯格在论文中描述了这些发现,他的论文起初不免遭拒,但之后于1957年被著名的《生物化学期刊》接受并发表。1959年,因为确定了“DNA的生物合成机制”,他成为诺贝尔奖的共同获得者之一。

DNA聚合酶Ⅰ(pol Ⅰ)的发现对生物学研究有着非常重要的意义,因为它在生命过程中起着核作用,令我们认识到DNA如何进行复制与修复。在细胞分裂之前,pol Ⅰ会复制细胞DNA的所有成分。接着,母细胞将其DNA副本传递给每一个子细胞,由此将遗传信息代代相传。科恩伯格发现pol Ⅰ能读取完整的DNA链,并以之作为模板合成一条新链,后者与原DNA链完全相同——这个过程和复印机复制文件没什么区别。

不过,复印机在复制文件时是机械性的,它并不在乎文件的内容,与此不同的是,DNA聚合酶7个子类中的某些成员能够校对原始DNA模板,侦查、移除并改正错误,从而生产出一条无误的新DNA链,这其中就包括DNA聚合酶Ⅰ。其他的DNA聚合酶只能复制不能修复,因此它们能够保留基因组中的突变,或是令细胞死亡

特性

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DNA聚合酶有多种,E.coli就有三种。通常DNA聚合酶具有以下共同特点:

①需要DNA模板,因此这类酶又称为依赖DNA的DNA聚合酶;

②需要RNA或DNA作为引物(primer),即DNA聚合酶不能从头催化;

③催化dNTP加到引物的3'-OH末端,其速率为1000nt/min,因而DNA合成的方向是5’到3';

④三种DNA聚合酶都属于多能酶,它们在DNA复制修复过程的不同阶段发挥作用。

种类

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原核生物

大肠杆菌DNA聚合酶DNA聚合酶最早在E.coli中发现,到目前为止已确定有5种类型,分别为DNA聚合酶Ⅰ、DNA聚合酶Ⅱ、DNA聚合酶Ⅲ、DNA聚合酶Ⅳ和DNA聚合酶V,都与DNA链的延长有关。

其中DNA聚合酶I、Ⅱ、Ⅲ研究得比较明确。

原核细胞DNA聚合酶性质的比较

DNA聚合酶

DNA聚合酶I

DNA聚合酶Ⅱ

DNA聚合酶Ⅲ

3'→5'外切酶活性

+

+

+

5'→3'外切酶活性

+

-

-

5'→3'聚合酶活性

+

+

+

5'→3'聚合酶速度(nt/s)

16~20

40

250~1000

相对分子质量(×103)

103

90

900

细胞内分子数

400

10~20

生物学活性

1

0.05

15

功能

切除引物,DNA修复

DNA修复

DNA复制

已知的结构基因

Pol(A)

Pol(B)

Pol(C)(dnaE、N、Z、X、Q

DNA聚合酶Ⅰ是1956年由Arthur Komberg在E.coli中首先发现,是一种多功能酶,有三个不同的活性中心:

①5’一3’聚合酶活性催化DNA链的延伸,主要用于填补DNA上的空隙或是切除RNA引物后留下的空隙;

②3’一5’外切酶活性能识别和切除DNA 3’端在聚合作用中错误配对的核苷酸,起到校读作用;

③5’一3’外切酶活性主要用于切除5’引物或受损伤的DNA。此酶缺陷的突变株仍能生存,表明DNA聚合酶I不是DNA复制的主要聚合酶。

DNA聚合酶Ⅱ是一种多酶复合体,有5’—3’聚合酶活性中心和3’—5 ’外切酶活性中心,但没有5 ’—3’外切酶活性中心。其催化5’—3’方向合成反应的活性只有DNA聚合酶Ⅰ的5%。因该酶缺陷的E.coli突变株的DNA复制都正常,所以也不是DNA复制的主要聚合酶,可能是在DNA的损伤修复中起到一定的作用。

DNA聚合酶Ⅲ是一种多酶复合体,全酶由α、β、γ、δ、ε、θ、τ、χ和ψ中共10种亚基构成,其中α、ε和θ亚基构成全酶的核心。α亚基含5’—3’聚合酶活性中心,ε亚基含3’一5’外切酶活性中心,θ亚基可能起装配作用,其他亚基各有不同作用。DNA聚合酶Ⅲ活性最高,在DNA复制链的延长上起着主导作用,是催化DNA复制合成的主要酶。

DNA聚合酶Ⅳ和V发现于1999年,主要参与DNA修复。

真核生物

已发现的真核生物DNA聚合酶有15种以上。在哺乳动物细胞中主要有5种DNA聚合酶,分别称为DNA聚合酶α、β、γ、δ和ε,均具有5’—3’聚合酶活性。

真核细胞的DNA聚合酶和细菌DNA聚合酶基本性质相同,均以dNTP为底物,需Mg2+激活,聚合时必须有模板链和具有3'-OH末端的引物链,链的延伸方向为5'→3'。但真核细胞的DNA聚合酶一般都不具有核酸外切酶活性,推测一定有另外的酶在DNA复制中起校对作用。

DNA 聚合酶α的功能主要是引物合成,即能起始前导链和后随链的合成。它与引发酶形成复合体,因其具有发、延伸链的双重功能,所以又被称为pol α的引发酶。DNA聚合酶β活性平稳定,可能主要在DNA损伤的修复中起作用,属于高忠实性修复酶。DNA聚合酶δ是主要负责DNA复制的酶,参与前导链和后随链的合成。而DNA聚合酶ε与后随链合成有关,在DNA合成过程中核苷切除以及碱基的切除修复中起着重要的作用,而且,它在细胞的重组过程中可能具有某些功能。DNA聚合酶γ在线粒体DNA的复制中发挥作用。

除了上述5种主要的DNA聚合酶外,真核生物中还存在ζ、η、τ和κ等几种DNA聚合酶,它们承担着修复损伤的功能,但这些修复酶的忠实性都很根低。

真核细胞DNA聚合酶性质的比较

性质

DNA聚合酶α

DNA聚合酶β

DNA聚合酶γ

DNA聚合酶δ

DNA聚合酶ε

亚基数

4

1

2

2~3

≥1

细胞定位

核内

核内

线粒体

核内

核内

外切酶活性

-

-

3'→5'外切酶

3'→5'外切酶

3'→5'外切酶

引物合成酶活性

+

-

-

-

-

功能

引物合成和核DNA合成

损伤修复

线粒体DNA合成

核DNA合成

复制修复

DNA聚合酶与复制的保真性

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DNA复制的保真性是遗传信息稳定传代的保证。生物体至少有3种机制实现保真性:

①遵守严格的碱基配对规律

②5’—3’聚合酶活性中心对底物的选择,使核苷酸的错配率仅为10-4~10-5;

③3’—5’外切酶活性中心在复制出错时的即时校对,使错配率降至10-6~10-8。

应用

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E.coli的DNA pol Ⅰ涉及DNA损伤修复,在半保留复制中起辅助的作用。DNA polⅡ在修复损伤中也具有重要的作用。DNA polⅢ是一种多亚基的蛋白质,在DNA新链的从头合成中起复制酶的作用。

复制的忠实性问题会影响到翻译的精确性,这种忠实性主要依赖于碱基的特异性配对。据估计每个碱基对将有10-3。的概率会发生错配,但实际的错配率只有10-8~10-10,即每1000个细菌复制周期中,每个基因组只产生一次错误。DNA多聚酶能增加互补碱基的特异性,该特异性主要表现在以下两方面:

①能够检查进入的碱基是否和模板互补,这时通过一个匹配的化学特点加以识别,这是合成前的一种预防措施,称为合成前( presynthetic)错误控制

②在新的碱基加到链上以后,检查碱基是否配对。若发生错配,将会把刚加上去的错误碱基切除掉,这是校正控制( proofreading)。

细菌的三种DNA聚合酶都具有3 7硝’外切活性,逆DNA合成方向进行加工,提供校对功能。在链的延伸阶段中,一个核苷酸进人生长链的末端,形成键,该酶就向前移一个碱基对,准备下一个碱基对的进入。若一个错误产生了,这个酶就向回退,切除最后加进来的这个碱基,产生一个位点,然后被正确的碱基取代。

不同DNA多聚酶聚合和校正之间的关系是不同的。有时,这些活性是由相同的蛋白质亚基产生的,但有时它们又还有不同的亚基。一个错误碱基的排除实际上是十分复杂的,因为这种切除反应是由不同位点催化的。

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