生物计算学编辑

计算生物学和生物统计学

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生物计算学包括计算生物学和生物统计学。计算生物学是指开发和应用数据分析及理论的方法、数学建模和计算机仿真技术，并用于生物学研究；其运用大规模高效的理论模型和数值计算来识别基因组序列中代表蛋白质的编码区，破译隐藏在核酸序列中的遗传语言规律。生物统计是一门探讨如何从生物学实验研究的设计、取样、分析、资料整理与推论的科学，包括分子生物学中的统计方法，数量遗传学研究中的统计方法，生物信息学研究的统计方法等。

生物计算需要进行海量数据的分析，科研工作者或企业研发人员往往需要借助专门的平台来实现，如北京市计算中心生物计算平台和华南理工大学高性能网格计算平台、西安交通大学生物计算平台等。这些平台具有性能强大的硬件系统，并整合整合生物信息学软件及分析工具，可以高效完成数据分析工作。

生物计算工具

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1.数据处理软件

①CrossGraphs2.1。专门设计用于在医学、药学和生物学方面的多变量数据库图形显示软件，可以将Oracle等数据库，或者数据文本文件转化为各种图形输出，以便进行各种统计分析。CurveExpERT1.34。对ELISA标准曲线拟合头痛吗？实际上，不只是ELISA标准曲线拟合，其它各种有关的实验数据分析，都可以应用。

②CurveExpert进行数据分析。它使用非常方便，可以说是实验数据处理的圣手，并且可以生成漂亮的曲线应用到论文之中。

2.序列综合分析等

① Phylip。PHYLIP 3.5c 用来进行进化树分析。三个自解压软件包括了说明文件与C语言原代码。它可以分析DNA与蛋白序列，限制位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。

②tree-puzzle5.0。核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。根据序列数据的最大相似性构建进化树，可对大量数据进行快速分析构建，程序还包含数个统计测试。解压后，有详细使用手册及程序源代码。

生物计算数据集

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生物计算产生了海量单变量或多变量的数据集，构成了生物计算研究的基础数据，如：EMBL Nucleotide Sequence DAtabase(EMBL核苷酸序列数据集)、BioGRID Dataset v3.1.85(BioGRID数据集v3.1.85)、CATH database V3.4(CATH蛋白结构分类数据库-版本3.4)、The molecular signature CEL files (B chip)、Gene Expression Correlates of Clinical ProSTATe Cancer Behavior等。

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